Το ιερογλυφικό αρχείο
Στο δυτικό τμήμα του ανακτόρου ανασκάφθηκε, πεσμένο από τον όροφο, το πληρέστερα μέχρι σήμερα σωζόμενο αρχείο ιερογλυφικής της Κρήτης. Το δωμάτιο του αρχείου βρισκόταν πάνω από την πύλη εισόδου που υπήρχε στην απόληξη σκάλας. Εξαιτίας της έντονης πυρκαγιάς που κατέστρεψε το πρώτο ανάκτορο στην Μεσομινωική ΙΙΒ, το δωμάτιο αυτό κατέπεσε στο ισόγειο, μαζί με όλο το περιεχόμενό του. Κατά την Νεοανακτορική ανοικοδόμηση του κτιρίου η είσοδος δεν καθαρίσθηκε, αλλά φράχθηκε και έπαυσε να χρησιμοποιείται, με αποτέλεσμα το αρχείο να σφραγισθεί και να σωθεί ουσιαστικά ανέπαφο.
Τα ευρήματα ήταν πήλινες πινακίδες διαφόρων τύπων, όπου οι γραφείς κρατούσαν σημειώσεις για το περιεχόμενο των αποθηκών, καθώς και σφραγίσματα, δηλαδή αποτυπώματα σφραγίδων των αξιωματούχων του ανακτόρου πάνω σε μαλακό πηλό, για το σφράγισμα είτε των ρόλων από φθαρτό υλικό (πάπυρο ή περγαμηνή) που αποτελούσαν το μόνιμο αρχείο, είτε και μικρών (ξύλινων) κουτιών. Ιδιαίτερα ενδιαφέροντα είναι τα αποτυπώματα σπάγκου στην πίσω επιφάνεια των σφραγισμάτων. Τα σφραγίσματα ανήκουν σε περισσότερες από 40 διαφορετικές σφραγίδες, δείχνοντας έτσι την πολύπλοκη οργάνωση του γραφειοκρατικού συστήματος του ανακτόρου. Moναδικό εύρημα είναι ένα χάλκινο εργαλείο εγχάραξης, το οποίο πιθανότατα έφερε αρχικά ξύλινη λαβή.
Η μελέτη του ιερογλυφικού αρχείου έδειξε πρώτον ότι οι γραφείς ήταν δύο, και ακόμα ότι εργάζονταν την στιγμή της καταστροφής, διότι μερικές πινακίδες έμειναν ημιτελείς. Η κεραμική του αρχείου αποτελείτο από πιάτα και κύπελλα διαφόρων τύπων που χρησιμοποιούσαν οι γραφείς και οι βοηθοί τους την ώρα της εργασίας τους, αλλά και οι επισκέπτες του χώρου.
